ImageJのデフォルト画像フォーマットはtifです。連続画像や動画を解析するには、まず、このtif画像のスタック（複数のtif画像を集めて1つのファイルにしたもの）を用意・生成します。そして、Volume Viewerというプラグインをインストールしておくと（下の補足参照）、右上のキャプチャのように”Plugins”メニューから”Volume Viewer”を選ぶだけでスライス画像から立体画像を生成して色々な角度から眺めることが出来ます。この脳のMRIスライス画像のスタックファイルは、”File”メニューで”Open Samples”の中の”MRI Stack”を選べばImageJウェブサイトからダウンロードされます。

プラグインのインストールはただ単にVolume_Viewer.jarというファイルをImageJフォルダーの中のpluginsフォルダにコピーしてImageJを再起動するだけです。このpluginsフォルダの中にサブフォルダを作っておくと”Plugins”メニューを開いたときにサブカテゴリーに表示されるようになります。

脳のMRIサンプルの場合には、この3Dビューアでz-aspectを5.0位にしておきます。この解析例では、表示の仕方はVolume I(slow)を選択しています。そのほか細かく設定できるようになっています。また、mri-stack.tifをクリックしておいて”Image”メニューから”Stacks”の”Make Montage...”を選ぶとお医者さんのドラマシーンなどでよく出てくるスライス画像を順番に並べたものが生成されます（右下）。

補足（２００８年０４月２４日）：ImageJの最新バージョン（1.39）をインストールするとプラグインのVolume Viewerはプラグインの3Dの項に既にインストールされた状態になっています。